酶名

識別序列

切割位點

末端類型

來源

推薦緩沖液

應(yīng)用場景

AvaI

C^YCGRG

黏性末端

放線菌

Ava Buffer

甲基化敏感分析（識別 CG 序列）

Y=C/T, R=A/G，區(qū)分甲基化狀態(tài)

BamHⅠ

G^GATCC

黏性末端

芽孢桿菌

NEBuffer 3.1

克?。ǔＳ幂d體酶切位點）

星號活性低，適合雙酶切

EcoRⅠ

G^AATTC

黏性末端

大腸桿菌

NEBuffer 2.1

基因克隆、RFLP 分析

商業(yè)化應(yīng)用酶，兼容性強

HindⅢ

A^AGCTT

黏性末端

流感嗜血桿菌

NEBuffer 2.1

基因組酶切、載體構(gòu)建

與 EcoRⅠ 共用 Buffer，雙酶切

KpnⅠ

GGTAC^C

黏性末端

肺炎克雷伯菌

NEBuffer 2.1

定向克隆（酶切位點含保護堿基）

需 5’-GGTACC-3’完整序列

NcoⅠ

C^CATGG

黏性末端

肺炎克雷伯菌

NEBuffer 4.1

帶 ATG 起始密碼子的克隆

切割位點含起始密碼子，便于表達載體構(gòu)建

NotⅠ

GC^GGCCGC

黏性末端

諾卡氏菌

NEBuffer 3.1

大片段克隆（稀有酶切位點）

需甲基化酶預(yù)處理（如 Dam/Dcm）

PstⅠ

CTGCA^G

黏性末端

普羅威登斯菌

NEBuffer 1.1

質(zhì)粒酶切、甲基化敏感實驗

識別序列含 GC-rich，甲基化不敏感

SacⅠ

G^AGCTC

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 2.1

定向克隆、酶切鑒定

與 XhoⅠ 末端不兼容，需注意連接方向

SmaⅠ

CCC^GGG

平末端

沙雷氏菌

NEBuffer 4.1

平端連接（如 PCR 產(chǎn)物克?。?/span>

星號活性高，需嚴(yán)格控制酶濃度

XhoⅠ

C^TCGAG

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 3.1

與 SalⅠ、SacⅠ 構(gòu)建多克隆位點（MCS）

末端與 SalⅠ（G^TCGAC）互補

AgeⅠ

ACC^GGT

黏性末端

土壤桿菌

Age Buffer

無縫克?。óa(chǎn)生 1 bp 突出端）

需保護堿基（5’-CACCGGT-3’）

BglⅡ

A^GATCT

黏性末端

芽孢桿菌

NEBuffer 2.1

與 BamHⅠ、MboⅠ 末端兼容（黏性末端通用）

注意：識別序列含 Dam 甲基化位點

ClaⅠ

AT^CGAT

黏性末端

產(chǎn)氣腸桿菌

NEBuffer 4.1

克隆含 CGAT 的片段（如 cDNA 文庫）

平末端 + 1 bp 黏性末端，連接效率稍低

EcoRⅤ

GAT^ATC

平末端

大腸桿菌

NEBuffer 4.1

平端克隆、DNA 測序前處理

識別序列為非回文結(jié)構(gòu)，切割效率穩(wěn)定

HaeⅢ

GG^CC

平末端

嗜血桿菌

NEBuffer 2.1

小片段分析（如病毒 DNA 酶切）

常用作甲基化對照（不識別甲基化 CC）

HindⅡ

GTY^RAC

平末端

流感嗜血桿菌

NEBuffer 2.1

首個被鑒定的序列特異性內(nèi)切酶

Y=C/T, R=A/G，識別多種序列

MboⅠ

^GATC

黏性末端

莫拉氏菌

NEBuffer 2.1

基因組甲基化分析（對 Dam 甲基化敏感）

與 BamHⅠ、BglⅡ 末端兼容

NdeⅠ

CA^TATG

黏性末端

大腸桿菌

NEBuffer 4.1

帶 TATG 序列的克隆（如啟動子區(qū)域）

切割位點含終止密碼子（TGA 反向互補）

PvuⅡ

CAG^CTG

平末端

變形桿菌

NEBuffer 1.1

質(zhì)粒線性化、平端連接實驗

識別序列穩(wěn)定，適合低 GC 含量 DNA

SalⅠ

G^TCGAC

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 3.1

與 XhoⅠ、SacⅠ 構(gòu)建多酶切位點

末端與 XhoⅠ（C^TCGAG）不互補

SpeⅠ

A^CTAGT

黏性末端

芽孢桿菌

NEBuffer 3.1

無縫克?。ㄅc XbaⅠ 末端互補）

切割產(chǎn)生 5’-CTAG 突出端，可與 XbaⅠ 連接

XbaⅠ

T^CTAGA

黏性末端

芽孢桿菌

NEBuffer 3.1

與 SpeⅠ、NheⅠ 末端兼容（通用黏性末端）

識別序列含 A/T-rich，酶切效率高

AflⅡ

C^ACGTG

黏性末端

鏈霉菌

AflⅡ Buffer

含 ACGT 序列的克?。ㄈ?MCS 區(qū)域）

需保護堿基（5’-CACGTG-3’）

BstEⅡ

G^GTNACC

黏性末端

嗜熱脂肪菌

BstEⅡ Buffer

高溫酶切（50℃適用）

N = 任意堿基，適合復(fù)雜模板

DraⅠ

TTT^AAA

平末端

放線菌

NEBuffer 4.1

甲基化不敏感酶（識別非甲基化 TTTAAA）

適合哺乳動物基因組酶切

EcoRⅡ

^CCWGG

平末端

大腸桿菌

EcoRⅡ Buffer

甲基化敏感分析（識別 CCGG 序列）

W=A/T，區(qū)分甲基化狀態(tài)

HpaⅡ

C^CGG

平末端

幽門螺桿菌

NEBuffer 2.1

甲基化檢測（識別甲基化 CG 位點）

與 MspⅠ（^CCGG）區(qū)分甲基化狀態(tài)

KpnⅡ

GGT^ACC

黏性末端

肺炎克雷伯菌

NEBuffer 2.1

與 KpnⅠ（GGTAC^C）區(qū)分切割方向

切割位點在第 3 位，產(chǎn)生 3’突出端

MspⅠ

^CCGG

平末端

莫拉氏菌

NEBuffer 2.1

甲基化檢測（不區(qū)分甲基化 CG）

與 HpaⅡ 配套用于甲基化分析

NheⅠ

G^CTAGC

黏性末端

肺炎克雷伯菌

NEBuffer 3.1

與 XbaⅠ、SpeⅠ 末端兼容

識別序列含 CTAG，適合多載體克隆

PmeⅠ

GTTT^AAAC

平末端

普羅威登斯菌

PmeⅠ Buffer

大片段釋放（稀有酶切位點）

需 6 個保護堿基，酶切效率依賴序列環(huán)境

SphⅠ

GCATG^C

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 2.1

含 CATG 序列的克?。ㄈ?cDNA 起始位點）

末端與 NcoⅠ（C^CATGG）部分互補

StuⅠ

AG^GCCT

平末端

鏈球菌

NEBuffer 4.1

平端連接（酶切位點穩(wěn)定）

識別序列含 GC-rich，適合高保真 PCR 產(chǎn)物

ApaⅠ

GGGCC^C

黏性末端

青霉菌

ApaⅠ Buffer

稀有酶切（識別 5 個 G+C 堿基）

需 5’-GGGCCC-3’完整序列，用于大片段切割

BclⅠ

T^GATCA

黏性末端

芽孢桿菌

BclⅠ Buffer

與 BamHⅠ、BglⅡ 末端兼容（隱蔽黏性末端）

識別序列含 Dam 甲基化位點，需甲基化酶處理

EcoRⅦ

ACC^GGT

平末端

大腸桿菌

NEBuffer 4.1

與 AgeⅠ（ACC^GGT）區(qū)分末端類型

平末端 vs AgeⅠ 的 1 bp 黏性末端

HindⅣ

GAC^NNGTC

平末端

流感嗜血桿菌

NEBuffer 2.1

隨機酶切（N = 任意堿基，產(chǎn)生混合片段）

用于基因組文庫構(gòu)建的預(yù)實驗

MluⅠ

A^CGCGT

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 3.1

含 CGCG 序列的克隆（如真核基因內(nèi)含子）

識別序列含 CG 重復(fù)，需注意甲基化影響

NruⅠ

TCG^CGA

平末端

根瘤菌

NEBuffer 4.1

甲基化不敏感（識別對稱 CG 序列）

適合甲基化基因組的酶切分析

PstⅠ

CTGCA^G

黏性末端

普羅威登斯菌

NEBuffer 1.1

質(zhì)粒酶切、甲基化敏感實驗

識別序列含 GC-rich，甲基化不敏感

SacⅡ

CCGC^GG

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 3.1

與 SmaⅠ（CCC^GGG）聯(lián)合酶切

產(chǎn)生 2 bp 黏性末端，連接效率較高

ScaⅠ

AGT^ACT

平末端

鏈球菌

NEBuffer 4.1

平端克隆（酶切位點含終止密碼子 TGA）

適合插入帶終止信號的基因片段

XmaⅠ

C^CCGGG

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 3.1

與 SmaⅠ（CCC^GGG）區(qū)分末端類型

黏性末端 vs 平末端，影響連接方向

BstXI

CC^ANNNNNGGT

黏性末端

嗜熱脂肪菌

BstXI Buffer

長距離酶切（識別 8 bp 序列）

N = 任意堿基，適合大片段定位

DraIII

CAC^NNN^GTG

黏性末端

放線菌

NEBuffer 4.1

雙切割位點酶（產(chǎn)生中間片段）

用于 DNA 測序模板制備

HinfⅠ

G^ANTC

黏性末端

流感嗜血桿菌

NEBuffer 2.1

隨機酶切（N = 任意堿基，產(chǎn)生小片段）

適合 RNA 酶切分析（如 tRNA 結(jié)構(gòu)研究）

NlaⅢ

CATG^

黏性末端

奈瑟氏菌

NEBuffer 2.1

四堿基酶（識別 CATG，產(chǎn)生 3’突出端）

用于 cDNA 文庫構(gòu)建（識別起始密碼子）

SspⅠ

A^TTAAT

黏性末端

鏈霉菌

NEBuffer 1.1

甲基化敏感（識別 ATTAAT，含 A/T-rich）

需避免 Dam 甲基化影響

TaqⅠ

T^CGA

黏性末端

嗜熱菌

NEBuffer 2.1

高溫酶（65℃適用，適合 GC-rich 模板）

末端與 HpaⅡ（C^CGG）不兼容